当社の創建は定かではありませんが、古伝によれば河内村の有藤氏の祖、栄四郎が紀州の熊野の神社をあつく信仰し、本村に勧請したいと熊野本宮に、７年の間参詣し続け、河内の総鎮守として奉斎したという言い伝えがあります。

しかし、棟札によると八十八代後嵯峨天皇の乙巳八月二十八日、三田井井城主、大神高千穂太郎が造立したとも伝えられており、一定しません。その後、宝暦八年（一四五六年）社殿を炎焼しましたが同十年（一四五八年五月）再建しました。文化三年（一八〇六年）六月に再建され、明治九年五月に改築しました。

『日向地誌』によると、旧川内村には旧称熊野三社権現、旧称鳴滝六社大権現、旧称北野天満宮の三社があり、明治４年にそれぞれ中川内神社、上河内神社、下川内神社と改称して村社となりました。明治四十年、この三社を中川内神社に合祀して、熊野鳴瀧神社と改称しました。上宮（鳴滝神社）には年中清水が流れ落ちる滝があり、秋の紅葉の頃はとくに美観です。厳冬ともなれば滝水は一本の氷柱となることもあります。

昔から牛馬の守護神として知られており、戦前までは村内の崇敬者はもちろん、大分・熊本の人々がこの滝の水を牛馬に与え、安全と繁栄を祈念しました。